Il 5 ottobre 1910, con un colpo di stato, venne deposto re Manuele II e venne instaurata la repubblica. La rivoluzione colpì in primo luogo la Chiesa cattolica: vennero saccheggiate le chiese, vennero attaccati i conventi. Furono presi di mira anche i religiosi. Il nuovo governo, invece di porre attenzione alla crisi economica, si preoccupò di inaugurare una politica anticlericale. Il 10 ottobre il nuovo governo repubblicano decretò che tutti i conventi, tutti i monasteri e tutte le istituzioni religiose fossero soppresse: tutti i religiosi venivano espulsi dalla repubblica e i loro beni confiscati. I gesuiti furono costretti a rinunciare alla cittadinanza portoghese. Seguirono, in rapida successione, una serie di leggi anticattoliche: il 3 novembre venne legalizzato il divorzio. In seguito passarono leggi che legittimavano i figli nati fuori dal matrimonio, che autorizzavano la cremazione, che secolarizzavano i cimiteri, che sopprimevano l'insegnamento religioso a scuola e che proibivano di indossare l'abito talare. Inoltre al suono delle campane e ai periodi di adorazione furono poste alcune restrizioni e la celebrazione delle feste popolari fu soppressa. Il governo interferì anche nei seminari, riservandosi il diritto di nominare i professori e determinare i programmi. Questa lunga serie di leggi culminò nella legge di separazione fra Chiesa e Stato che fu approvata il 20 aprile 1911.
Nel 1911 venne approvata una costituzione repubblicana, con la quale veniva inaugurato il sistema parlamentare con poteri presidenziali ridotti e due camere parlamentari. Il regime repubblicano provocò importanti fratture nella società portoghese, soprattutto nella popolazione rurale, nei sindacati e nella Chiesa. Sebbene il Partito Repubblicano Portoghese, guidato da Alfonso Costa, dovette sopportare la secessione degli elementi più conservatori, riuscì a preservare il suo dominio, grazie ai rapporti di clientela ereditati dalla monarchia. In vista di questa tattica, le opposizioni si videro costrette ad usare la violenza per raccogliere i frutti del potere.
Nel frattempo, in Europa, scoppiava la Prima guerra mondiale. Il PRP vide nello scoppio della guerra come un'opportunità per raggiungere molti obiettivi: portare a termine le minacce di una possibile invasione spagnola nel Portogallo e dell'occupazione delle sue colonie africane da parte delle altre potenze coloniali. Inoltre si voleva creare un forte consenso popolare sul regime e sul partito stesso. Questi obiettivi non furono raggiunti, poiché mancò il consenso popolare alla partecipazione alla Grande Guerra. La partecipazione al conflitto da parte del Portogallo restò marginale, mentre le fratture nella politica interna si intensificarono, portando così alla nascita di due dittature nel volgere di pochi anni, la prima del Generale Pimenta de Castro nel 1915, la seconda di Sidonio Pais nel 1917-18.
Il vuoto di potere che si creò a seguito dell'assassinio di Sidonio Pais, portò il paese a una breve guerra civile. La restaurazione della monarchia venne proclamata nel Portogallo settentrionale il 19 gennaio 1919 e, quattro giorni dopo, scoppiò un'insurrezione monarchica a Lisbona. Un governo di coalizione, diretto da José Relvas, coordinò la lotta contro i monarchici con l'esercito e con civili armati. Dopo una serie di scontri, i monarchici furono definitivamente sconfitti il 13 febbraio 1919. Questa vittoria militare permise al PRP di ritornare al governo e di emergere trionfante alle elezioni tenute lo stesso anno.
Nell'agosto 1919 venne eletto il conservatore Antonio José de Almeida, il quale usò il potere per sciogliere il parlamento. Le relazioni con la Santa Sede, riprese all'epoca di Sidonio Pais, furono mantenute. Il presidente usò i suoi poteri per risolvere una crisi di governo nel 1921. Nelle elezioni del 1921 fu vinta dal Partito Liberale, nato qualche anno prima dalla fusione degli "evoluzionisti" e degli "unionisti". Tuttavia il governo liberale non durò molto. Il 19 ottobre 1921 venne eseguito un pronunciamiento militare durante il quale un certo numero di figure conservatrici vennero uccise. Questo evento, detto la "notte di sangue", lasciò una profonda ferita nella pubblica opinione. Questo dimostrò anche che le istituzioni repubblicane erano fragili.
Un nuovo giro di consultazioni elettorali, tenutosi il 29 gennaio 1922, inaugurò un breve periodo di stabilità politica: il PRP ancora una volta ottenne la maggioranza. Tuttavia il malcontento non era sparito, poiché si susseguirono numerose accuse di corruzione. Inoltre i falliti tentativi di risolvere i problemi sociali logorarono visibilmente i maggiori leaders del PRP. Allo stesso tempo, i partiti politici, il PRP soprattutto, soffrivano di gravi crisi interne. Tra il 1910 e il 1926 ci furono quarantacinque governi. Furono tentate molte formule per stabilizzare il sistema politico, come il governo monopartitico, la coalizione ed esecutivi presidenziali, ma nessuno di questi ebbe successo.
Alla metà degli anni venti la scena internazionale favorì un'altra soluzione autoritaria, nella quale un governo forte avrebbe ristabilito l'ordine. Con il colpo di stato del 28 maggio 1926 venne posta fine alla Prima Repubblica. Al suo posto venne instaurata una dittatura. La rivoluzione conservatrice partì da Braga e poco dopo si propagò nelle altre città portoghesi. Il Generale Gomes da Costa marciò con 15.000 uomini in direzione di Lisbona, dove veniva acclamato dalla popolazione.