Liberato nell'agosto del 1943, si unì alle prime formazioni partigiane e fu tra i fondatori dei GAP di Torino. Qui svolse, con il nome di battaglia "Ivaldi", numerose azioni di sabotaggio contro l'occupante nazifascista e uccise diversi esponenti del regime fascista, spie e collaborazionisti, tra i quali il maresciallo della Milizia e amico personale di Benito Mussolini Aldo Mores, e il giornalista fascista Ather Capelli (31 marzo 1944). A Torino ebbe anche luogo, il 18 maggio 1944, il sacrificio eroico di Dante Di Nanni, membro del GAP comandato da Pesce, subito dopo l'attentato contro la stazione radio dell'Eiar che disturbava le trasmissioni di Radio Londra.
In seguito a questi ultimi drammatici avvenimenti, nel mese di maggio 1944 Giovanni Pesce si trasferì a Milano, dove riorganizzò la formazione locale, la III Brigata GAP "Rubini", prendendone il comando col nome di battaglia di "Visone". Tra le sue azioni a Milano, è da ricordare l'uccisione del colonnello della Milizia Cesarini, dirigente fascista della fabbrica aeronautica Caproni (15 marzo 1945). Qui Giovanni Pesce operò con la staffetta partigiana "Sandra", Nori Brambilla, che dopo la Liberazione, il 14 luglio 1945, divenne sua moglie.