Gli Alleati angloamericani sbarcarono in Sicilia il 9 luglio 1943, venendo accolti abbastanza favorevolmente dalla popolazione. Come ricordò il giornalista Salvo Barbagallo, i rinascenti separatisti affissero nella Palermo liberata dei manifesti che dichiaravano decaduta la monarchia sabauda e che chiedevano una Sicilia «indipendente a regime repubblicano», arrivando nei mesi successivi a chiedere un'esplicita annessione agli Stati Uniti d'America.

I separatisti diedero vita, in questo periodo, al Movimento per l'Indipendenza della Sicilia, guidato da Andrea Finocchiaro Aprile - in precedenza sottosegretario di Francesco Saverio Nitti - spostatosi a sinistra. I separatisti avanzavano anche provvedimenti in favore dei contadini e l'abolizione del latifondo. Nel frattempo, gli Alleati deposero tutti i podestà e nominarono nuovi sindaci, ma stabilire chi non fosse stato colluso col fascismo sull'isola risultò difficile, a parte qualche libero professionista, nobile o possidente e, nonostante il ceto medio siciliano fosse stato moderatamente favorevole a Mussolini, ben presto emerse la totale collusione dell'amministrazione insulare nel Ventennio, tanto da doverla mantenere in buona parte per non rompere la macchina burocratica locale. Ad esempio, il questore fascista di Catania, Alfonso Molina, zelante persecutore di ebrei e omosessuali durante il regime, perse la sua carica per acquisire quella di commissario locale per il governo militare alleato, venendo prosciolto da qualsiasi accusa e con addirittura «riconosciuti» meriti civili: tipico trasformismo del Mezzogiorno italiano prima e dopo la dittatura. La Sicilia aveva meno sofferto di altre regioni degli effetti negativi della guerra, tuttavia risentiva molto del problema del razionamento e degli ammassi obbligatori del grano, istituzione non gradita dai contadini che trovavano ovviamente più vantaggioso vendere i loro prodotti al mercato nero, inoltre anche a causa dell’evasione dalle carceri le strade e le località isolate erano esposte all'attacco di numerose e agguerrite bande criminali.

A Palermo il 19 ottobre 1944 i dipendenti del Comune manifestarono per ottenere una indennità di carovita, ad essi si unirono i popolani dei quartieri poveri che chiedevano «pane e lavoro» e circondarono in maniera minacciosa la prefettura. Quando sopraggiunse un camion di soldati per difendere il palazzo, venne accerchiato e bersagliato da pietre e forse dal lancio di una bomba, i soldati risposero al fuoco facendo un gran numero di morti. Il giorno stesso il Comitato di Liberazione Nazionale approvò un decreto sull'assegnazione delle terre non coltivate o mal coltivate a cooperative di contadini locali, le terre di proprietari vennero invase (e le coltivazioni distrutte) al fine di renderle assegnabili. Il nuovo decreto portò alla nascita di improvvisate leghe di contadini e a numerosi disordini in tutto il Sud. Anche nei mesi precedenti si erano avuti provvedimenti governativi a favore dei lavoratori agricoli (ripartizione favorevole ai mezzadri) che diedero però origine a molte controversie e scarsi risultati positivi, creando un notevole imbarazzo alla sinistra che si trovava contemporaneamente al governo e nelle manifestazioni antigovernative.

Nel novembre 1944 avvenne il richiamo alle armi al fine di ricostituire un esercito nazionale che affiancasse gli Alleati, il cosiddetto Esercito cobelligerante italiano, ma questo provocò ondate di proteste. La prima città dove si ebbero sommosse fu Catania dove vennero incendiati il municipio, il tribunale, l’esattoria e l’ufficio leva. Nelle settimane successive si costituì quello che è stato chiamato il movimento dei «Non si parte!» composto da elementi di sinistra ma anche da ex fascisti. A Giarratana venne assaltata la caserma dei carabinieri, sottratte le armi e si diede fuoco al municipio e al dazio. A Ragusa la folla bloccò un camion dell’esercito che trasportava i giovani destinati al servizio militare, i rivoltosi si impadronirono di gran parte della città erigendo delle barricate. Al termine dei moti si ebbero 18 morti fra carabinieri e soldati, nonché 19 morti fra i civili. I moti si estesero rapidamente nei paesi vicini, a Vittoria il popolo catturò l’intera guarnigione della Guardia di Finanza e liberava i detenuti nel carcere, a Naro venne bruciata la caserma dei carabinieri e l’ufficio delle imposte, ad Avola venne fatto saltare il collegamento ferroviario e si diede l’assalto agli uffici governativi, a Palazzolo venne bruciata la pretura, la sede del Comune e dell’ufficio annonario, in due località si ebbero eventi ancora più gravi. A Comiso, popolani e simpatizzanti del fascismo si impadronirono di un camion che trasportava il grano destinato alla popolazione di Vittoria, catturarono i carabinieri della caserma della città, e si procurarono le armi della polizia.

È controversa la questione se i moti siciliani di quel periodo fossero sempre collegati al movimento separatista, comunque il Comitato di Liberazione Nazionale prese una posizione molto energica verso gli indipendentisti che avevano dato vita all’EVIS, l’Esercito Volontario per l’Indipendenza della Sicilia, guidato dall’esponente di sinistra, vicino ai comunisti, Antonio Canepa, e al GRIS, Gioventù Rivoluzionaria per l’Indipendenza della Sicilia, che anche nella denominazione mostrava un orientamento a sinistra. Secondo una statistica del Ministero degli Interni gli iscritti del Movimento indipendentista siciliano erano ben 480mila, molto più numerosi di quelli iscritti a tutti gli altri partiti locali.

Nel 1945 si ebbero nuovi provvedimenti sociali alcuni dei quali molto sfavorevoli agli imprenditori, il blocco dei licenziamenti, la scala mobile, mentre il governo provvedeva alla cassa integrazione e ai lavori pubblici straordinari per far fronte alla diffusa disoccupazione. Nell'aprile 1945 esponenti del Comitato di Liberazione Nazionale assaltarono le sedi di Palermo e Catania del Movimento indipendentista siciliano. Due mesi più tardi ad un posto di blocco venne fermato un mezzo che trasportava armi, nel conflitto a fuoco che seguì morì Canepa insieme ad altri due alti dirigenti dell’EVIS. Il fatto spinse i separatisti ad una politica ancora più dura, e nel convegno di Mondello si decise dopo un aspro dibattito (contrario lo stesso Finocchiaro Aprile) di stringere un accordo con le grandi bande criminali che imperversavano sull’isola. Una di queste bande fu responsabile di un episodio particolarmente turpe, la fucilazione di 8 carabinieri precedentemente catturati per i quali si era chiesto lo scambio con un dirigente separatista arrestato. Il governo Parri decise d’autorità la chiusura di tutte le sedi dei separatisti e in ottobre lo stesso Finocchiaro Aprile venne mandato al confino politico a Ponza. Fra le bande armate che operavano in quel periodo, ebbe particolare risonanza quella capeggiata da Salvatore Giuliano, bandito «firmava» le sue azioni con un rozzo antifascismo, ben presto anticomunismo vero e proprio. Il personaggio pur rimanendo sostanzialmente un uomo del crimine, prese per un certo periodo molto sul serio la causa separatista, e in un assalto alla sede della radio a Palermo lanciò un proclama in tal senso. Le numerose e incredibili azioni commesse dal bandito comprendevano assalti alle caserme dei carabinieri (150 carabinieri uccisi) nonché sequestri di persona e con palese collusione con la mafia e i proprietari terrieri più facoltosi.

Nel 1946 si ebbe uno slittamento a destra del separatismo siculo, con la proposta di affidare la Corona di Sicilia al re d'Italia Umberto II nel caso che il referendum sulla monarchia avesse dato un esito negativo. Non risulta che la proposta venne presa in considerazione da parte dei Savoia, e comunque il movimento separatista anche per il progressivo riconsolidarsi del potere centrale dello Stato, entrava in un lento declino. In questo momento la guerriglia separatista provoca l'intervento dell'esercito che, insediatosi a Montelepre (paese natale di Giuliano), venne accolto dai banditi con l'uccisione di un soldato, provocando forti restrizioni nei confronti della popolazione locale, le quali culminarono nell'arresto di tutti gli uomini del paese per scoraggiare il banditismo. La concessione dell'Autonomia siciliana il 15 maggio 1946 da parte del re Umberto II pose largamente fine alla causa separatista sicula, inducendo però la banda di Giuliano ad incrementare i suoi scontri, sempre più di chiara matrice anticomunista e avversa anche al governo centrale.

Le elezioni di giugno per l’Assemblea Costituente furono già deludenti per i separatisti, quelle dell’anno successivo per l’Assemblea della istituenda Regione Siciliana segnarono sostanzialmente la fine del movimento che riportò 171mila voti (9%), contro i 400mila della Democrazia Cristiana e i 600mila del Blocco del Popolo. Finocchiaro Aprile si ritirò dalla politica attiva, mentre il numero due, Antonino Varvaro entrò nel Partito Comunista Italiano, il resto del movimento si disperse in tempi relativamente brevi.

Il 1° maggio 1947, durante un comizio a Portella della Ginestra per festeggiare la vittoria del Blocco del Popolo alle elezioni regionali, i banditi spararono sulla folla, provocando 11 morti e numerosi feriti; la polizia arrestò i primi sospetti, arrivando alla conclusione che a sparare fosse stata la banda Giuliano, destinata poi ad essere sgominata e ridotta alla solitudine, mentre il separatismo isolano era appena tramontato.