Una discreta convivenza di costumi, religioni, fedi e dottrine diverse che altrove erano in guerra, fu invece possibile nei territori del regno di Napoli, grazie alla posizione centrale che occupa il Mezzogiorno nel Mediterraneo. Dall'inizio del dominio angioino si impose a Napoli il cattolicesimo come religione di stato e dei sovrani, e la chiesa cattolica trovò il consenso della maggior parte della popolazione. Alla nascita del regno diverse guerre comportarono la sconfitta e la conseguente interdizione delle altre confessioni religiose a cui aderivano minoranze e coloni stranieri: Islam e chiesa ortodossa. In Calabria e in Puglia fino al concilio di Trento e alla controriforma sopravvisse l'uso del rito greco e del Credo Niceno (simbolo recitato senza filioque). La riconversione di molte delle diocesi greche alla tradizione latina inizialmente fu affidata ai benedettini e ai cistercensi che si sostituirono gradatamente con le loro missioni ai monasteri basiliani, poi fu incoraggiata e ufficializzata da una serie di disposizioni che seguirono il concilio di Trento.[41][86]

Un'altra importante minoranza religiosa era costituita dalle comunità ebraiche: diffuse nei principali porti della Calabria, della Puglia, e in alcune città della Terra di Lavoro e della costa campana, furono espulse dal regno nel 1542 e riammesse poi, con tutti i diritti di cittadinanza, solo sotto il governo di Carlo III di Spagna, circa due secoli più tardi.

Il controllo dottrinale cattolico fu esercitato prevalentemente nelle gerarchie nobiliari e nella giurisprudenza e determinò d'altra parte lo sviluppo di filosofie e etiche eversive nei riguardi della Chiesa di Roma, laiche e spesso anticurialiste: queste dottrine nacquero su basi atomistiche e gassendiane ed ebbero diffusione dal XVII sec. (filosofie portate a Napoli da Tommaso Cornelio)[37] e confluirono poi in una forma fortemente locale di giansenismo nel XVIII sec.[39]

Particolarmente diffuso fra la popolazione di tutto il regno era il culto dei santi e dei martiri, invocati spesso come protettori, taumaturghi e guaritori, nonché la devozione alla Vergine Maria (Concezione, Annunciazione, Assunzione). D'altra parte nei territori del regno sono sorti centri di vocazione, di ecumenismo, e ordini monastici nuovi quali i teatini, i redentoristi e i celestini