Primo batterio con genoma sintetizzato chimicamente

[claddav]

Ulteriore passo verso la conoscenza dei meccanismi biologici e per l'abiogenesi

http://www.sciencemag.org/cgi/rapidp....1190719v1.pdf

Qua il commento sulle scienze

Una cellula batterica controllata da un genoma sintetico | Le Scienze

[famedoro]

interessante... si avvicina il momento in cui animali estinti potrebbero tornare in vita...

[k21]

Grazie claddav, avevo sentito la notizia ieri in tv e mi veniva da vomitare, perché l'arroganza umana sta diventando sempre più esagerata.
Adesso, grazie all'articolo delle Scienze che hai postato, ho visto che non hanno combinato niente di ché. Anzi, mi viene quasi da ridere: ieri parlavano di cellula sintetica, poi di genoma sintetico, adesso vedo che di sintetico c'è solo una parte ristretta di genoma che hanno "assemblato" in qualche maniera e che i dati "sintetici" in realtà sono quelli di un altro batterio di cui hanno fatto la mappatura.
In pratica hanno usato le solite tecniche, niente di nuovo sotto il sole.

[claddav]

Grazie claddav, avevo sentito la notizia ieri in tv e mi veniva da vomitare, perché l'arroganza umana sta diventando sempre più esagerata.
Adesso, grazie all'articolo delle Scienze che hai postato, ho visto che non hanno combinato niente di ché. Anzi, mi viene quasi da ridere: ieri parlavano di cellula sintetica, poi di genoma sintetico, adesso vedo che di sintetico c'è solo una parte ristretta di genoma che hanno "assemblato" in qualche maniera e che i dati "sintetici" in realtà sono quelli di un altro batterio di cui hanno fatto la mappatura.
In pratica hanno usato le solite tecniche, niente di nuovo sotto il sole.

Puoi ridere o vomitare non importa ma preparati una vagonata di antiemetico , comperando all'ingrosso si risparmia.

ti riporto parte della conclusione dell'articolo:

"This work provides a proof of principle for producing cells based upon genome sequences designed in the computer. DNA sequencing of a cellular genome allows storage of the genetic instructions for life as a digital file. The synthetic genome described in this paper has only limited modifications from the naturally occurring M. mycoides genome. However, the approach we have developed should be applicable to the synthesis and transplantation of more novel genomes as genome design
progresses (23).
We refer to such a cell controlled by a genome assembled from chemically synthesized pieces of DNA as a “synthetic cell”, even though the cytoplasm of the recipient cell is not synthetic. Phenotypic effects of the recipient cytoplasm are diluted with protein turnover and as cells carrying only the transplanted genome replicate. Following transplantation and replication on a plate to form a colony (>30 divisions or >109 fold dilution), progeny will not contain any protein molecules that were present in the original recipient cell (10, 24). This was previously demonstrated when we first described genome transplantation (10). The properties of the cells controlled by the assembled genome are expected to be the same as if the whole cell had been produced synthetically (the DNA software builds its own hardware).
The ability tp produce synthetic cells renders it it essential for researchers making synthetic DNA constructs and cells to clearly watermark their work to distinguish it from naturally occurring DNA and cells. We have watermarked the synthetic chromosome in this and our previous study (7).
If the methods described here can be generalized, design, synthesis, assembly, and transplantation of synthetic chromosomes will no longer be a barrier to the progress of synthetic biology. We expect that the cost of DNA synthesis will follow what has happened with DNA sequencing and continue to exponentially decrease. Lower synthesis costs combined with automation will enable broad applications for synthetic genomics."


Come noterai la novità è quella di avere testato l'intero processo della produzione sintetica del genoma a partire da una sequenza memorizzata a computer fino alla replicazione cellulare.
Il fatto di avere utilizzato un genoma 'copiato' da un batterio 'naturale' serviva come controllo che tutta la sequenza avvenisse con errori 'tollerabili'.
Il prossimo passo sarà la progettazione di un genoma con contenuti più artificiali.

Per lo studio dell'abiogenesi si avrà la possibilità di studiare quali siano i set minimi e le possibili varianti necessari alla replicazione cellulare.

Quindi sotto il sole c'è parecchio di nuovo e soprattutto si aprono nuovi spazi operativi.

Passo dopo passo si va avanti.

[k21]

Puoi ridere o vomitare non importa ma preparati una vagonata di antiemetico , comperando all'ingrosso si risparmia.

a me la scienza piace, però non mi piace la mancanza di rispetto nei confronti della vita; non mi piacciono neppure gli atteggiamenti da "apprendista stregone".
Sì, queste cose mi fanno vomitare; vedendo l'andazzo, forse dovrei seguire il tuo consiglio.

Come noterai la novità è quella di avere testato l'intero processo della produzione sintetica del genoma a partire da una sequenza memorizzata a computer fino alla replicazione cellulare.

è proprio per questo che dico che non c'è niente di nuovo sotto il sole.
I biotecnologi non hanno mai utilizzato la sintesi del DNA perché non è mai servita loro: finora prendevano pezzi e li inserivano; avevano bisogno solo di "leggere" il DNA per poter individuare i pezzi (tagliare al punto giusto, ecc...).
La sintesi di DNA (la "scrittura") è stata sviluppata soprattutto per il DNA computing (algoritmo di Adleman, ecc...). Dato che il DNA-computing è un po' una boiata, le tecniche di sintesi di DNA non sono mai state sviluppate più di tanto (perché il problema nel DNA-computing non è la velocità di sintesi, ma la quantità di materiale necessario per realizzare la computazione su un problema complesso), ma tecnicamente sarebbero più semplici rispetto alla lettura.
Quello che hanno fatto praticamente è leggere e scrivere un gene prima di inserirlo invece di inserirlo e basta.

Il prossimo passo sarà la progettazione di un genoma con contenuti più artificiali.

se fosse così semplice scrivere dna artificiale, cioè scrivere dna come si scrive un programma per computer, l' "invenzione" di ieri sarebbe già avvenuta da tempo.
E' proprio perché non si sa come scrivere "programmi" in DNA che la sintesi di DNA è stata abbastanza trascurata (oltre al fatto che il DNA-computing è una boiata)

[Morfeo]

uomo 1 dio 2

è cominciata la rimonta

[claddav]

a me la scienza piace, però non mi piace la mancanza di rispetto nei confronti della vita; non mi piacciono neppure gli atteggiamenti da "apprendista stregone".
Sì, queste cose mi fanno vomitare; vedendo l'andazzo, forse dovrei seguire il tuo consiglio.



è proprio per questo che dico che non c'è niente di nuovo sotto il sole.
I biotecnologi non hanno mai utilizzato la sintesi del DNA perché non è mai servita loro: finora prendevano pezzi e li inserivano; avevano bisogno solo di "leggere" il DNA per poter individuare i pezzi (tagliare al punto giusto, ecc...).
La sintesi di DNA (la "scrittura") è stata sviluppata soprattutto per il DNA computing (algoritmo di Adleman, ecc...). Dato che il DNA-computing è un po' una boiata, le tecniche di sintesi di DNA non sono mai state sviluppate più di tanto (perché il problema nel DNA-computing non è la velocità di sintesi, ma la quantità di materiale necessario per realizzare la computazione su un problema complesso), ma tecnicamente sarebbero più semplici rispetto alla lettura.
Quello che hanno fatto praticamente è leggere e scrivere un gene prima di inserirlo invece di inserirlo e basta.




se fosse così semplice scrivere dna artificiale, cioè scrivere dna come si scrive un programma per computer, l' "invenzione" di ieri sarebbe già avvenuta da tempo.
E' proprio perché non si sa come scrivere "programmi" in DNA che la sintesi di DNA è stata abbastanza trascurata (oltre al fatto che il DNA-computing è una boiata)

Noto una certa idiosincrasia per il DNA Computing(tesi o dottorato che non hanno dato i risultati sperati?) , disciplina che rimane sempre un campo aperto di ricerca aperto i cui sbocchi pratici non possono essere preventivati.

A mio parere ti sfugge l'importanza del passo fatto da Venter, forse perchè sei ideologicamente contrario a questo tipo di ricerca.

Si è riusciti a sintetizzare il dna a partire non da altro dna (taglia e cuci) ma da informazioni risedenti in un computer!!!

Anche se il genoma è quello 'naturale' di un determinato batterio il fatto è che si è riusciti a sintetizzarlo in modo automatico e con pochi errori.

Ora se unisci questo alla possibilità di disegnare proteine

Vedi ad esempio
Software for Bio-molecular Modeling

e quindi ottenere la sequenza genomica desiderata vedi che i campi di applicazione cominciano ad apparire e sono interessanti.

Alla luce di questa tecnica forse non domani ma probabilmente fra qualche anno la possibilità di avere produzione di proteine artificiali progettate ex novo non è così implausibile.

Quindi mi raccomando scorta di antiemetici

[claddav]

uomo 1 dio 2

è cominciata la rimonta

Secondo me

2 a 0 a tavolino

per assenza del secondo giocatore.
Sempre pronto a ricredermi in presenza del cartellino con foto.

[Pig Brother]

a me la scienza piace, però non mi piace la mancanza di rispetto nei confronti della vita; non mi piacciono neppure gli atteggiamenti da "apprendista stregone".
Sì, queste cose mi fanno vomitare; vedendo l'andazzo, forse dovrei seguire il tuo consiglio.

Perché, la "vita" per caso si è lamentata onf:

[claddav]

Perché, la "vita" per caso si è lamentata onf:

Tiene presenti che ci sono testimoni (un sacerdote) che affermano che il batterio ricevente abbia emesso dei lamenti e questo non lo si può permettere.