Marsiglia fu occupata direttamente dai nazisti il 12 novembre 1942, dopo l'invasione italo-tedesca della zona "libera" della Francia, la Repubblica di Vichy, in risposta allo sbarco alleato in Nord Africa. La città francese, con il suo porto strategico, divenne un centro di operazioni militari e di repressione. Numerosi attacchi della Resistenza colpirono le forze d'occupazione tedesche. Il 3 gennaio 1943, in due differenti attacchi rimasero uccisi ufficiali e soldati tedeschi. I nazisti decisero quindi di effettuare delle rappresaglie, confermate dalla direttiva segreta firmata da Heinrich Himmler e ordinata direttamente da Adolf Hitler per risolvere il problema storico della criminalità marsigliese col suo totale annientamento:

- l'arresto di criminali a Marsiglia e la loro deportazione in Germania, con "una cifra tonda di circa 8.000 persone";
- la distruzione del "quartiere criminale" di Saint-Jean davanti al Porto vecchio;
- la partecipazione della polizia francese a queste operazioni.

L'operazione tedesca mirava soprattutto a smantellare il quartiere del Porto Vecchio, popolarmente noto come la petite Naples (Piccola Napoli). Questo popolare quartiere, caratterizzato da stretti vicoli e abitato principalmente da immigrati italiani, ma anche da ebrei, greci, spagnoli e già immigrati nordafricani, costituiva la parte più antica del tessuto urbano marsigliese. L'area, proprio per la sua conformazione, e la presenza di esuli antifascisti italiani e spagnoli, era considerata dalle autorità tedesche una delle roccaforti cittadina della Resistenza antinazista. Inoltre, secondo le istruzioni di Himmler, la popolazione rastrellata doveva essere evacuata nei campi di concentramento della Francia del Nord (in particolare a Compiègne), mentre il quartiere doveva essere perlustrato dalla polizia tedesca, assistita dai suoi omologhi francesi, e gli edifici infine fatti esplodere.

Il 22 e 23 gennaio 1943, il rastrellamento iniziò e comprese pure il quartiere dell'Opéra, dove vivevano molte famiglie ebree in virtù della vicinanza alla grande sinagoga di rue Breteuil. 250 famiglie furono radunate di prima mattina con una brutalità inaudita: le persone furono portate via con gli abiti che indossavano al momento dell'irruzione, senza bagagli o effetti personali; le famiglie furono separate dal momento dell'arresto e non furono mai più riunite. In questo quartiere si registrava anche una consistente presenza malavitosa, compresi dei delinquenti alle dipendenze della Gestapo, il che può spiegare la violenza degli esecutori.

Nei tre giorni del rastrellamento furono controllate circa 40.000 persone. Di queste 6.000 furono tratte in arresto. Secondo i dati del Memoriale della Shoah, furono deportati in totale 1.642 residenti a bordo di carri bestiame dapprima al campo di Fréjus, poi a quello di Royallieu e infine a Drancy, ultimo campo di transito prima del viaggio finale versi campi in Germania e in Polonia. Circa 800 ebrei finirono a Sobibor, mentre più di 700 persone, tra cui 200 ebrei e 600 "sospetti" (stranieri clandestini, zingari, omosessuali, "vagabondi" senza indirizzo o chiunque non fosse in grado di esibire una tessera alimentare o fosse appena uscito di prigione) furono inviati a Sachsenhaussen.

Una settimana dopo il rastrellamento, a partire dal 1º febbraio 1943, i tedeschi diedero il via all'operazione Sultan, volta a smantellare l'area a nord del Porto Vecchio. Circa 20.000 abitanti del quartiere furono fatti frettolosamente evacuare, mentre gli ingegneri nazisti minarono tutto il quartiere. Le distruzioni si protrassero per 9 giorni. Complessivamente furono distrutti 1.500 edifici e l'intera zona, di una superficie pari a 14 ettari, fu ridotta a un cumulo di macerie.

Lo smantellamento del quartiere che si estendeva lungo la riva nord del Porto Vecchio era già stato discusso nel XVIII secolo. Nel corso dei secoli furono elaborati diversi progetti di risanamento. Durante la guerra, un piano di sviluppo urbano fu elaborato da architetti impegnati nella causa della Révolution nationale attuata dal regime di Vichy. I primi lavori di smantellamento erano iniziati nell'autunno del 1942. Un intero quartiere era già stato demolito all'inizio del XX secolo, il "terrain de derrière la Bourse", lasciato come un terreno incolto per cinquant'anni.

Il 21 ottobre 1942, un certo Louis Gillet aveva scritto su quel quartiere nella rivista municipale:

[[Suburra]] oscena, una delle fogne più impure, dove si raccoglie la feccia del Mediterraneo [...] Questo è l'impero del peccato e della morte. Questi quartieri patrizi, abbandonati alla feccia, alla miseria e alla vergogna, quale modo migliore per svuotarli del loro pus e rigenerarli?

Dei 20.000 evacuati, circa 12.000 furono deportati nel campo di Frejus. La ricostruzione dell'area nord del Porto Vecchio fu completata solo nel 1956. L'igiene e l'urbanistica sono state utilizzate per mascherare una gigantesca opera di spoliazione e speculazione.