espressioni da evitare per gli atei?

Per me dipende tutto dalla motivazione. Se le espressioni religiose sono sintomo di un residuo di fede allora sì qualche incoerenza esiste.
Se invece si usa un modo di dire religioso perché ritenuto adatto alla situazione oppure perché semplicemente è rimasto nel vocabolario personale per la forza dell'abitudine mi sembra normale.

Per contro, i credenti toscani hanno notoriamente un intercalare poco coerente con le grandi Verita' della Santa Chiesa.