Nato come Mun Yong-Myeong a Chongju nel 1920, nell'allora Corea sotto dominio giapponese, la famiglia di Sun Myung Moon respinse la religione shintoista nipponica e seguì le credenze confuciane fino a quando aveva dieci anni, per poi convertirsi al cristianesimo ed entrando a far parte di una Chiesa presbiteriana. Moon disse di aver avuto la visione, dopo una preghiera a quindici anni, di Gesù Cristo, che gli assegnò il compito di portare avanti la Sua missione.
Nel 1941 Moon iniziò a studiare ingegneria elettronica all'Università di Waseda a Tokyo, durante questo periodo collaborò con membri del Partito comunista nel Movimento indipendentista coreano contro il Giappone imperiale. Nel 1943 tornò a Seul, si sposò ed ebbe un figlio.

Dopo la Seconda guerra mondiale e la liberazione dai Giapponesi, la Corea venne divisa lungo il 38° parallelo da due amministrazioni fiduciarie e principali nazioni vincitrici del conflitto appena trascorso: gli USA e l'URSS.
Pyongyang era stato il centro di maggiore attività cristiana della penisola fino al 1945, ma dalla fine del decennio almeno 166 sacerdoti e altre figure religiose vennero uccise o sparirono nei campi di concentramento, ad esempio l'allora vescovo cattolico di Pyongyang Francis Hong Yong-ho e tutti i monaci benedettini dell'abbazia di Tokwon.
Nel 1946 Moon iniziò la sua predicazione proprio a Pyongyang, l'anno successivo venne accusato dal neonato governo filo-comunista della Corea del Nord di spionaggio per conto del Sud, e condannato a cinque anni in un campo di lavoro a Hŭngnam. Nel 1950, durante la guerra di Corea, le truppe delle Nazioni Unite irruppero nel campo mettendo in fuga le guardie nordcoreane, così Moon poté fuggire, recandosi a Busan, in Corea del Sud.

Il suo anticomunismo emerse proprio negli anni della prigionia nordcoreana, vedendo la Guerra Fredda tra democrazia e comunismo come una lotta finale tra Dio e Satana e la Corea divisa il suo fulcro. Nel 1954 fondò a Seul la Chiesa dell'Unificazione come "Associazione dello Spirito Santo per l'Unificazione del Mondo Cristiano". Richiamò giovani accoliti che contribuirono a costruire le fondamenta della nuova organizzazione religiosa, incentrata su una visione conservatrice della famiglia e dell'interpretazione biblica. Venne scritto dunque il libro sacro e teologia fondamentale noto come Esposizione del Principio Divino. Dio è visto come creatore, la cui natura è sia maschile che femminile, è la fonte di ogni verità, bellezza e bontà. L'universo e gli esseri umani riflettono personalità, natura e scopo di Dio. Lo scopo dell'esistenza umana è tornare alla gioia divina. Le sue idee furono osteggiate dalle altre Chiese cristiane e suscitò interesse negli studenti universitari. Arrestato, venne assolto nel 1955, inviando i primi missionari in Giappone.

Nel 1957 Moon divorziò e si risposò nel 1960 con una diciassettenne, con una cerimonia chiamata "Santo Matrimonio", la moglie venne chiamata "Vera Madre" ed entrambi vennero indicati dalla Chiesa dell'Unificazione come "Veri Genitori". Per i seguaci di questa religione, Gesù doveva essere il secondo Adamo e sposarsi per costruire la vera famiglia che avrebbe liberato il mondo dal peccato, ma venne crocifisso, ha redento l'umanità spiritualmente ma non fisicamente. Questo compito divenne allora dei Veri Genitori, che dovevano sposare coppie e unirli a Dio, rimuovendone i peccati. La stampa, attirata da queste cerimonie, li definì "matrimoni di massa". Le prime 36 coppie vennero benedette nel 1961 a Seul, mentre la prima cerimonia fuori dalla Corea del Sud si tenne nel 1982 a New York con la partecipazione di 2mila persone.
Moon sostenne che i matrimoni interrazziali (e perciò interculturali) fossero il modo più rapido per realizzare un mondo unito e di pace, in special modo tra nazioni rivali o nemiche, in modo da accelerare un processo di unità globale.

Nel 1971 il fondatore della Chiesa si trasferì negli USA, rimanendo cittadino e residente della Corea del Sud, iniziando anche conferenze sull'unità delle scienze, con partecipanti da tutto il mondo, pure Nobel in Fisica, Fisiologia e Medicina.
Nel 1974 chiese ai suoi membri statunitensi di sostenere il presidente Richard Nixon durante lo scandalo Watergate, mentre veniva sottoposto a pressioni per dimettersi. I membri della Chiesa dell'Unificazione pregarono e digiunarono per tre giorni davanti al Campidoglio USA col motto "Forgive, Love and Unite". Nixon li ringraziò pubblicamente e ricevette ufficialmente Moon, portando la sua organizzazione al centro dell'interesse mediatico.
Nel 1982 venne condannato sempre negli USA per false dichiarazioni dei redditi e cospirazione, alla fine gli venne data una pena di diciotto mesi e una multa di 15mila $, servendo per tredici mesi in una casa d'accoglienza e venne rilasciato per buona condotta. Il suo caso finì sotto dibattito giudiziario per la libertà di parola e d'espressione, secondo alcuni, infatti, venne accusato per pregiudizi religiosi e alcune Chiese come quelle del Sud, cattoliche nere e battiste lo sostennero apertamente insieme a figure di rilievo nel clero.
Sempre in quell'anno fondò il Washington Times, quotidiano conservatore della capitale USA, letto pure da Ronald Reagan, entrando nel conglomerato giornalitico di proprietà di Moon che comprendeva anche testate sudcoreane, giapponesi e sudamericane.

Negli anni 2000 sponsorizzò conferenze alle Nazioni Unite sulla formazione di rappresentanti religiosi, il primo torneo internazionale di calcio per la pace ed entrò in conflitto con la Chiesa di Roma, quando l'arcivescovo cattolico Emmanuel Milingo e un'agopunturista sudcoreana, Maria Sung, si sposarono con benedizione della Chiesa dell'Unificazione.
Nel 2008 Moon nominò il suo figlio più giovane, leader della sua Chiesa e negli anni 2010 cedette ai suoi figli tutte le responsabilità dell'organizzazione, morì nel 2012.