Stefani è stato coinvolto nelle inchieste giudiziarie sul fallimento del villaggio turistico "Skipper" ad Umago, della Credieuronord, e nel caso dei finanziamenti pubblici a Il Giornale d'Italia.
Nel caso del villaggio Skipper, Stefani fu raggiunto da un avviso di garanzia della procura di Padova nel luglio 2004 per bancarotta fraudolenta (poi passata a bancarotta semplice) riguardo al fallimento della società "Ceit", intermediaria nell'investimento.[7] Stefani fu assolto nel dicembre 2011 "per non aver commesso il fatto",[8] dopo aver risarcito 500.00 euro ad una banca carinziana.[9]
Nel 2000 Stefani, assieme a Maurizio Balocchi, tesoriere della Lega prima di Belsito, sono i due sottosegretari che siedono nel CDA della banca Credieuronord, sostenuta da Bossi e finanziata tramite 3.000 sottoscrizioni nelle sezioni leghiste. A seguito del fallimento, rilevato da Bankitalia nel 2003, la banca "padana" viene rilevata dalla Banca Popolare di Lodi di Gianpiero Fiorani. Il Carroccio offre come pegno la storica sede di via Bellerio, la scuola leghista di Varese e il prato di Pontida, per evitare la bancarotta e la perdita dei risparmi dei sottoscrittori. Stefani, assieme agli altri membri del CDA, viene colpito da una sanzione amministrativa di circa 7.000 euro comminata dal Ministero dell'Economia di Giulio Tremonti.[9]
Nel 2007 la procura di Roma mette Stefani sotto indagini per concorso in truffa ai danni dello Stato e riciclaggio nella vicenda dei finanziamenti pubblici a Il Giornale d’Italia, usato per rastrellare 14 milioni di contributi all’editoria di partito. Stefani era accusato di aver intascato una parte dei fondi ottenuti da Massimo Bassoli, immobiliarista ed ex direttore-editore del quotidiano, in cambio del “patrocinio” prestato o promesso dalla Lega. Bassoli versò alla Lega 117.000 euro, contabilizzati in bilancio; le intercettazioni di Bassoli non poterono essere utilizzate in indagine secondo la legge Boato, e la posizione di Stefani venne archiviata.[9]