2001-2006: nel centro-destra di Berlusconi e la scissione dei Repubblicani Europei
A fine legislatura (dopo cinque anni di governi dell'Ulivo a guida Prodi, D'Alema e Amato) il PRI cambia schieramento: il XLII congresso del partito, a Bari nel gennaio del 2001, decreta l'adesione alla coalizione di centrodestra, mentre un ingresso ufficiale nella CdL non fu mai formalmente ratificato. Luciana Sbarbati, in aperta polemica con questa decisione, esce dal partito alla guida di un piccolo gruppo di scissionisti (5% dei voti congressuali) che daranno vita al Movimento Repubblicani Europei, alleato del centrosinistra. Alla scissione a sinistra corrisponde anche un recupero a destra: riconfluiscono nel PRI gli esponenti del movimento di Unità Repubblicana.
Il 6 ottobre 2001 Giorgio La Malfa, dopo 14 anni, lascia la segreteria del partito per assumerne la presidenza. Il consiglio nazionale elegge nuovo segretario nazionale Francesco Nucara.
Ad ottobre del 2002 il XLIII Congresso nazionale che si svolge a Fiuggi conferma le scelte del congresso di Bari e la collocazione del partito nell'alleanza della CdL. A giugno del 2003, riprendono le pubblicazioni de La Voce Repubblicana, sotto la direzione di Francesco Nucara. Nel maggio 2004 il tribunale di Roma annulla temporaneamente i risultati del congresso del 2001 per un presunto mancato rispetto dello statuto del partito. Tali risultati, confermati dal successivo congresso di Fiuggi, saranno infine convalidati dal tribunale.
Nell'aprile 2005 La Malfa e Nucara vengono rispettivamente nominati Ministro per le Politiche Comunitarie il primo e vice-ministro per l'Ambiente il secondo nel Governo Berlusconi III. Nell'ottobre 2005, all'indomani dell'approvazione della nuova legge elettorale proporzionale, il PRI contesta alcuni aspetti della normativa e cala il gelo nei rapporti con gli alleati, in attesa della conferenza programmatica del 3 febbraio 2006, dove interviene lo stesso Berlusconi ed il PRI riconferma l'alleanza con la CdL ed avvia un legame elettorale con Forza Italia.
Nel 2006 il PRI ottiene il riconoscimento dell'esclusività del simbolo dell'edera: il Tribunale di Roma emette un'ordinanza vietando al Movimento Repubblicani Europei e ai Repubblicani Democratici l'uso contemporaneo del simbolo dell'edera e della parola Repubblicani, che resta diritto esclusivo del PRI; il 20 febbraio 2008, il MRE rinuncerà al ricorso contro la sentenza con cui il Tribunale di Roma respingeva la richiesta, fatta dallo stesso Movimento, di annullamento del Congresso di Bari.