Una fugace risposta, dato che non ho assolutamente tempo per andare a riaprire libri e portarti dati più precisi (altri più preparati potranno risponderti meglio).
Il progetto non è stato attuato "durante la guerra" come dici tu, ma è un punto fondamentale del nazionalsocialismo fin dagli inizi, il quale a ben vedere non ha fatto che rendere programma di partito un movimento ed un'idea ben presente in Germania da tempo (basti leggere non solo il Chamberlain, ma l'ottocentesco De Lagarde, etc.).
Secondo: perché un macro-ghetto al posto dei già esistenti ghetti? Perché gli ebrei non erano affatto tutti nei ghetti, ma incuneati a vario titolo nella società non-ebrea. Ripeto: il progetto doveva essere quello di separarli del tutto dai non-ebrei, un progetto più radicale quindi di quello dei ghetti, di origine ecclesiastica (e rabbinica, non dimentichiamo i precetti dei rabbini a non mescolarsi con i goym).
La tua osservazione sul Madagascar: non ho mica detto che sarei stato d'accordo con quel progetto. Probabilmente una zona (semi-)desertica dell'Eurasia (o una zona già fortemente abitata da ebrei) avrebbe dovuto essere la locazione più razionale, senza così calpestare i diritti di un qualche popolo nativo. Un po' come fece Stalin con i suoi ebrei, che cominciò a trasferire nel Birobidjian.